此战后，城中的蒙古人和色目人锐减，由八十余万人到不足三万，而大都城也由百万人口减少至不足十五万。这样做虽然残酷，但是也是为了日后的需要，要将不稳定因素消除。
不过破城后所获亦是甚丰，仅粮食就得到百万石之多，从旧朝勋贵手中收缴金达三十万两之巨，银两千余万两，珠宝器皿无算，可见蒙元官员贪腐之盛。而宫中也尚存有大量宝物，其中不乏女真当年掠夺汴京皇宫，蒙元强抢临安皇宫中的旧物，这让赵昺不由感叹世事弄人啊！
九月初一，行营迁入大都城，赵昺在大明宫举行大朝会，召见文武众臣，同时下旨嘉奖有功，犒赏三军，大宴三天。但他并没有久留大都，半月后任命江璆为河北、河南和山东制置使，兼领燕京府事。
与此同时，开始布置撤军，第一军和炮一师驻留大都，戍守山南、山北诸州；第二军开赴真定镇守；第三军开赴长安镇守；第四军前往山东；第五军前往山西；第八军仍回襄樊；第十二军和十三军搭乘海船返回驻地。
将开战后编成的十数个保安旅改编为边防军分赴宣德、开平、宁德等沿边重镇戍守。第一水军留驻直沽，保卫海防和海运通路。陆战队各自规建，工程师则负责在沿边修建戍堡，利用枯水季修通大运河至大都城内的运河。布置完毕，行驾乘舟沿运河南下还都，至此第二次北伐胜利结束……
祥兴十九年，在赵昺主持下进行行政区域改革，大宋全境共重新规划为二十个省，一百余府、千余州（县），形成中央、省、府、州（县）四级行政管理机构。
同年，赵昺下诏加强海贸，巩固旧有西洋航线外，利用新开辟环球航线，打入北美、北美市场。同时在南北皇田试种引进的玉米、花生、番薯等新品种。
祥兴二十年，赵昺着令兵部制定军事要地图谱，对禁军和州军进行整编，扩充骑军，加强边防军力。经多番研讨后，保留八个军的禁军，炮军扩编为五个师，骑军十个师，水军保留大小舰船千艘，远征军得以继续保留作为战略支援军。内地州军缩编为旅，编余兵力加强到边防军。
调整后大宋保有禁军三十万、州军十万，边军二十万，共有兵力达六十万。而后对诸部军将进行调整，江钲致仕，韩振接任枢密副使，一干禁军老将回京入枢密院任职，一大批青壮将领晋升各部主将。
祥兴二十一年，赵昺任命降臣方臣佑为高丽招讨使，出动水、步军三万前往高丽。李氏不敢交战请降，愿为大宋属国，降爵为王。赵昺赐其为高丽王，以方臣佑为监政，长子入宋为质，年年纳贡。
江南人口增长日益，耕地不足，赵昺下旨江浙人口北迁河北、河南，湖广人口充实川蜀；又迁山西之民前往陕甘宁地区。将归附的蒙古人口安置在沿边，并置州县管理，将草场分与诸部，各部间不得相互侵扰。
同年，皇长子赵璟至学龄，赵昺没有沿袭于宫中聘请帝师教育的旧例，而是让其入皇家学院学习。此举引发轰动，京城子弟纷纷入院学习。
祥兴二十二年，陆秀夫等老臣请辞致仕，赵昺以文天祥入主中书省、江璆支持尚书省，陈则翁入门下省，林之武、蔡乔、庄公从等人入京进入六部任职。
赵昺下旨改临安为南京，燕京为北京，开始营造宫城，整修城垣。
祥兴二十三年，赵昺北巡，驻跸开平府，调诸部草原演武，蒙古残部慌忙北奔，大宋得民数万户。
次年秋，赵昺亲领大军二十万，分三路深入草原追剿蒙元残部。此时蒙古人经过数年内斗，人口锐减，已形同散沙，大部自知不敌纷纷归附，少数远遁漠北，大宋收复和林，设置安息总管府管理。
祥兴二十五年，扶桑内乱遣使请求归附，赵昺断然拒绝，并切断与其的所有贸易和文化交流，此策使其与外界日渐隔离，十数年后便陷入衰落，国民贫苦，技术落后，内斗不已，最终一村之地也敢称王。
祥兴二十八年，海外作物在中原试种成功后，赵昺向西北各地推广，并将玉米、花生和番薯作为必征的赋税，数年后各地遍植，使干旱贫瘠之地得以丰产，使民免于饥饿。
同时，赵昺又下旨将皇家所属工坊北迁中原，开发矿场，建立工厂，促进工业和纺织业发展。
祥兴三十年，经过十数年的发展，大宋经济日益强盛，货物行销四海，赵昺着手推行平民免费教育，在各地开设新式学校，并改革科举，一改以经史取士的惯例。
祥兴三十五年，赵昺立皇长子为储，开始让其学习政务，处理国事。
祥兴四十年，赵昺自南京出发南巡，重走当年入江南的路线，历时一年足迹遍及沿海诸省，在泉州拜祭了圆寂的师傅。又乘舟出海至琼州，看遍昔日山水，终于在海之南题写了心心念念已久的‘天涯海角’四个大字。
祥兴四十二年，杨太后驾崩，赵昺将太后葬于绍兴皇陵。次年迁都北京，但其久居南京，将政务交予监国的太子打理。他醉心于编写教材，教导学生。
祥兴四十五年，赵昺干脆禅位于太子，改年号复兴，自己除专注于教学外，开始发明打造各式机械，推广蒸汽机的应用，使得大宋进入了工业化时代，进入了工业文明。
复兴五年，知天命的太上皇打造了数艘蒸汽铁壳船，率领一支百艘万石大舟出海环游世界，直至数年才归，不仅带回了各种珍惜动植物，还开辟了数条新航线，更重要的是让大宋士子们对世界有了新的认识。
复兴十年后，太上皇身体日渐衰弱，很少在离京，除了编撰书籍后，含饴弄孙，便是与昔日老臣喝茶回忆往事。
复兴二十年，太上皇常常望着天空发呆，一个夏夜突然雷雨骤至，其面现喜色言：吾回家了……便悄然逝去！
太上皇驾崩后，赵璟遵遗嘱将其仍葬于绍兴皇陵，伴于杨太后陵寝旁，周边陪葬着与其一起打天下的祥兴旧臣。
众臣商议给先帝上庙号却犯了难，祥兴帝文治武功本朝历代皇帝无能出其左右，不仅恢复了汉家江山，还向西北拓地万里，并推动了大宋军事、文化、科技和医学、农业机械，乃至天文等等的发展。
最终，皇帝赵璟还是觉得其收复中原，恢复江山的功绩最为显赫，上庙号武宗……
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